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本篇主要是在講病原菌的生理小種，同一隻病原菌它可能因為感染的寄主不同，或是區域不同而在底下又分成許多小種(race)，而在生理小種之下又有一個或許多biotype。如果病原菌突然可以感染之前不能感染之寄主，我們稱此特性為variant(多變性)。
我們可以用外觀型態和生理特性來區分種，但在種底下的分類就要依照寄主及症狀不同來區分了。有些病原菌會出現區域性，當他被移到另外一個區域時，或許對寄主的致病力就會減低，通常這樣就可以分成一個小種。同樣的菌感染不同的寄主病徵也不一定會相同，這樣也可以將不同寄主上的的同一隻菌在分成不同小種。
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